Los programas del SBMC se caracterizan por enfatizar algunos aspectos que se consideran esenciales para la formación: perspectiva anabautista, perspectiva ecuménica, perspectiva contextual y perspectiva de educación superior.
Perspectiva anabautista: la tradición teológica del anabautismo se constituye en un eje fundamental y transversal de los programas del SBMC. Dentro de esta tradición, el SBMC encuentra elementos fundamentales para la reflexión bíblica, teológica y pastoral. Esto no significa que se desconozcan otros aportes y que la formación sea totalmente confesional. Por el contrario, a partir de una teología anabautista se entra en diálogo con las diferentes tradiciones teológicas protestantes y católicas generando un espíritu de diálogo, de reflexión y de enriquecimiento mutuo.
Perspectiva de paz y noviolencia: para el SBMC el énfasis en la paz y la noviolencia es uno de los ejes transversales de los diferentes programas. El Seminario recoge la herencia de la teología pacifista de la iglesia Menonita. La paz es comprendida más allá de la concepción griega (eirene) y de la concepción romana (pax). La paz en comprendida como Shalom, lo cual tiene que ver con la totalidad de bienestar, tanto para el ser humano como para la creación, tiene que ver con la armonía, con la justicia y la misericordia. Se espera que esta concepción de la paz tenga una profunda incidencia en las distintas dimensiones del proceso de enseñanza-aprendizaje.